Aerobní baktérie, které jsou navázané na kořeny vodních rostlin zastanou většinu práce. Čistírnu konstruujeme tak, aby čištěná voda musela obtékat co největší množství kořenů. Na jednu osobu počítejte přibližně 5 m2 čistírny. Vykopejte díru obdélníkového půdorysu o hloubce přibližně 70 cm. Tu vystelte geotextílií. Pak položte fólii, která nezatěžuje příliš životní prostředí a dlouho vydrží (třeba kaučuková EPDM fólie). Na straně výpusti je třeba zhotovit prostup fólie do trubky. To lze u pružné fólie udělat tak, že vyříznete otvor menší, než průměr trubky a trubku tímto otvorem prostrčíte. Vzniklý límec stáhnete pruhem fólie a zajistíte kovovou stahovací páskou. Pro pocit opravdové vodotěsnosti můžete použít i nějaký silikon. Celou fólii znovu překryjeme geotextilií, abychom zamezili protržení.
Do prostupu nasadíme vypouštěcí rouru - což je klasická odpadní roura průměru třeba 110mm proděrovaná 10 mm vrtákem, aby jí nepropadl kačírek. Výpustní roura bude ležet na dně čistírny.
Celou čistírnu zasypeme kačírkem. U výstupní roury je dobré použít kačírek větší frakce, třeba 35-50mm ve vrstvě alespoň 40 cm kolem roury. Zbytek čistírny zasypeme frakcí jemnější, třeba 15-35mm. U nátokové strany necháme prohlubeň a tu také až po výšku maximální hladiny zasypeme hrubším kačírkem. Nátokovou rouru zhotovíme stejně jako tu výtokovou a umístíme jí vodorovně tak, aby ležela ve výšce budoucí maximální hladiny. Pak jí ještě zasypeme hrubším kačírkem. Ve zbytku čistírny by kačírek měl dosahovat přibližně 5 cm nad maximální hladinu. To zamezí veškerému zápachu a množení komárů.
U kořenové čistírny je potřeba mít možnost regulovat výšku hladiny. Než rostliny pořádně zakoření, je dobré hladinu pravidelně snižovat, aby se kořeny natáhly až ke dnu čistírny. Proto výpustní roura ze dna čistírny ústí do regulační šachty, kde na rouru nasadíme koleno (tvarovka 90°) s gumičkou a rouru přibližně 60 cm dlouhou. Pouhým nakláněním roury (otáčením v spojovací tvarovce) můžeme nastavit výšku hladiny v kořenovce. My zhotovujeme odpadní šachtu z ferrocementu a tak může zároveň sloužit jako rezervoár pročištěné vody třeba pro zalévání. Hladinu této šachty můžete regulovat stejným způsobem. Je dobré mít výpusť vždy u dna (kořenovky i výpustní šachty), aby bylo možné tyto nádrže lehce vypustit. Proto je zapotřebí, aby byl celý systém ve svahu.
Z domu se musí voda dostat v nezámrzné hloubce přes odkalovací jímku nebo septik nad hladinu kořenovky. U dna (o cca 70 cm níže) vyvěrá do regulační šachty, která by měla mít výpusť také u svého dna - alespoň tak hluboko, jako je dno kořenovky. Horizontální potrubí by mělo mít spád minimálně 2% (2cm na jeden metr délky).
Kořenovku osázíme rostlinami. Nejběžnější je rákos, orobinec a kosatec, stejně jako u čistící zóny přírodních jezírek.
Údržba kořenovky
Údržba je opravdu minimální. Z odkalovací jímky je třeba sebrat jednou za čas (1x ročně) kal ze dna a z hladiny. Před prvními velkými mrazy posekejte porost a nechte ho ležet přes zimu na kořenovce jako mulč. Nátokovou rouru zamulčujte více, aby nezamrzla. Můžete snížit hladinu třeba o 20 cm. Po několika letech se kačírek pravděpodobně zanese kalem a bude dobré ho propláchnout silným proudem vody.
